Hier eine kurze Beschreibung der Möglichkeiten im Arbeitskreis
(klicken Sie einfach auf ein Thema im Inhaltsverzeichnis)

1. Peptide und DNA
	Peptidsynthese
	DNA-Synthese
	PNA (Peptid Nucleinsäuren)
2. Synthese
	Synthese
3. Analytik
	Massenspektrometrie
	NMR
	Elektrophorese
	CD Spektroskopie
	HPLC
	UV Spektroskopie
	Röntgenstrukturanalyse
4. Computer
	Windows, Linux, Mac OS X
	Molecular Modeling
	LaTeX

 

 

 

1. Peptide und DNA

Peptidsynthese
Die Peptidsyntese wird entweder manuell durchgeführt oder mit einem der beiden Peptidsynthesizern 433A der Firma Applied Biosystems, die auf die etablierte Fmoc- und Boc-Chemie eingestellt sind. Diese gewährleisten bei nicht allzu anspruchsvollen und komplizierten Sequenzen eine vernünftige Synthese des gewünschten Peptids.

Synthesizer 433A

DNA-Synthese
Zur Synthese kleiner DNA Oligomere steht ebenfalls ein Synthesizer von Applied Biosystems zur Verfügung.

PNA (Peptid Nucleinsäuren)
Was PNA bedeutet findet ihr auf der Seite Arbeitsgebiete ausreichend erklärt. Die Synthese erfolgt üblicherweise von Hand, da sie unter Umständen einer großen Variationsbreite zur Optimierung unterliegt. Neuerdings soll aber auch einer der beiden Synthesizer dazu eingesetzt werden.

2. Synthese

Neben der Peptidsynthese arbeitet eine Reihe von Doktoranden auch an allgemeinen Synthesemethoden. Diese werden hauptsächlich für den Aufbau modifizierter Nucleobasen oder unnatürlicher Aminosäuren verwendet.

3. Analytik

Massenspektrometrie
In der Peptidchemie ist die massenspektrometrische Bestimmung im Allgemeinen das erste Mittel der Wahl. Im Haus steht uns dazu eine Massenspektrometrie-Serviceabteilung zur Verfügung. Darüber hinaus besteht auch die Möglichkeit kurzfristig (z.B. zur Reaktionskontrolle) selbst an zwei ESI Massenspektrometern zu messen (Finnigan Mat LCQ und TSQ; ESI, LC-MS, ...).
Seit Ende 2003 steht ein FT ICR Massenspektrometer zur Verfügung; in Zukunft auch mit MALDI-Quelle.

Finnigan MAT LCQ

NMR
Im Haus sind Spektrometer von 200 bis 600 MHz vorhanden. Nach einer Einweisung besteht die Möglichkeit selbst an diesen Geräten zu messen.

Elektrophorese
Zur Überprüfung der von uns synthetisierten Peptide bezüglich deren Bindung an DNA, verwenden wir eine Polyacrylamidgelelektrophorese (PAGE) Apparatur.

CD Spektrometrie
Mit einem CD Spektrometer der Firma JASCO überprüfen wir Sekundärstrukturen von PNA und DNA Oligomeren.

HPLC
Zur Reinigung und Trennung von Peptiden kommen vier HPLC´s und verschiedene Säulen zum Einsatz, wodurch eine semipräparative Trennung ermöglicht wird.

UV-Spektroskopie
Im Arbeitskreis sind zwei UV-Spektrometer vorhanden.

Röntgenstrukturanalyse
Zur Röntgenstrukturanalyse besteht im Arbeitskreis eine Kooperation mit der Anorganischen Chemie.

4. Computer

Insgesamt haben wir drei Räume, die mit Windows-Computern und einem eigenen Server, zur Sicherung der Daten, ausgerüstet sind.
Die beiden Peptidsynthesizer werden mit Apple (G4) Computern betrieben. Außerdem nutzen viele unserer Doktoranden das lokale Netzwerk mit ihren eigenen Notebooks direkt vom Arbeitsplatz aus. Diese Rechner sind genau wie alle anderen Computer mit dem Server und dem Internet verbunden.

Molecular Modeling
Daneben betreiben wir MacroModel, ein auf Linux basierendes Molecular Modeling Programm, das wir zum Abschätzen von Peptidstrukturen und zum einfachen Modeln nutzen.

Screenshot MacroModel

LaTeX
Da wir auch Linux verwenden, kann jeder der möchte, seine Arbeit auch mit LaTeX verfassen und anschließend in ein .pdf file umwandeln. Möglich ist die Verwendung von LaTex auch von Windows aus.

Bei weiteren Fragen Email an: udieder@gwdg.de